K nejčastějším komplikacím patří rozšíření zánětu (zánět slzné žlázy, zánět očnice..), opakované navracení zánětu, dlouhé trvání zrání zrna.Jinou komplikací nemoci je vlastně nemoc jiná – vlčí zrno. Tyto dvě nemoci od sebe často nejsou širokou veřejností rozlišovány. Ječné a vlčí zrno se liší typem žlázy, kterou postihují (vlčí postihuje hlubší) a vlčí zrno není na rozdíl od ječného infekční. Vlčí zrno je malé, nebolestivé zatvrdnutí, často bývá chronické a nemá tendenci samo prasknout. Téměř vždy se musí řešit lékařským zákrokem – vyškrábnutím.
